科研項目經費的財務管理分為三個階段：

事前（科研項目申請、預算編制、任務書階段）

事中（科研項目立后會計核算階段）

事后（科研項目結題驗收專項審計階段）

事前

指直接參加項目研究開發人員支出的工資性費用（可以歸集在勞務費）。

是指在項目研究開發過程中所必須購置或試制專用儀器設備，對現有儀器設備進行升級改造，以及租賃外單位儀器設備而發生的費用。專項經費要嚴格控制設備購置費支出（購置設備費、試制設備費、設備改造與租賃費）。在預算編制時應考慮到企業在申報書中企業支撐條件是否有相同的設備。

設備費只能調減不能調增。

是指在項目研究開發過程中所消耗的各種原材料、輔助材料等低值易耗品的采購及運輸、裝卸、整理等費用。在預算編制時一定注意不是生產性所耗用的各種原材料。

材料費可以調增調減。

是指在項目研究開發過程中支付給外單位（包括課題承擔單位內部獨立經濟核算單位）的檢驗、測試、化驗及加工等費用。如果不是獨立進行經濟核算的單位，不能單獨支測試化驗加工費，但測試化驗加工過程中發生的相關費用可在相應科目列支。

測試化驗加工費可以調增調減（但要有相應的支撐）。

是指在項目研究開發過程中相關大型儀器設備、專用科學裝置等運行發生的可以單獨計量的水、電、氣、燃料消耗費用等。（不能單獨計價一定要有具體分攤明細）

燃料動力費可以調增調減。

是指在項目研究開發過程中開展科學實驗（試驗）、科學考察、業務調研、學術交流等所發生的外埠差旅費、市內交通費用等。

差旅費開支標準按照國家有關規定執行。

是指在項目研究開發過程中為組織召開的開展學術研討、咨詢以及協調項目或課題等活動而發生的會議費用。課題承擔單位應當按照國家有關規定，嚴格控制會議規模、會議數量、會議開支標準和會期。（會議通知、會議預算、會議簽到、發票）

是指在項目研究開發過程中支付給課題組成員中沒有工資性收入的相關人員（如在校研究生）和課題組臨時聘用人員等的勞務性費用。在校學生標準：本科800元、研究生1200元（勞務費發放要有明細清單及相關要素）

勞務費只能調減，不能調增。

是指在項目研究開發過程中支付給臨時聘請的咨詢專家的費用。專家咨詢費不得支付給參與支撐計劃及其項目、課題管理相關的工作人員。（專家姓名、專業、單位、身份證號、聯系方式、金額、專家簽字）

專家咨詢費只能調減，不能調增。

是指在項目研究開發過程中對使用本單位現有儀器設備及房屋，日常水、電、氣、暖消耗，以及其他有關管理費用的補助支出。管理費按照項目專項經費預算分段超額累退比例法核定。 

間接費用只能調減，不能調增（可以計提，也可以據實列支）

事中

直接費用和間接費用。

直接費用是指在項目（課題）實施過程（包括研究、中間試驗試制等階段）中發生的與之直接相關的費用。主要包括：設備費、材料費、測試化驗加工費、燃料動力費、差旅費、會議費、國際合作交流費、出版/文獻/信息傳播/知識產權事務費、勞務費、專家咨詢費、其它費用。

間接費用是指承擔課題任務的單位組織課題任務的過程中發生的無法在直接費用中列支的相關費用。

事后

在科研項目結題驗收專項審計階段要重點關注以下幾個問題：

1.經費外撥——應當簽訂子任務書（合同）明確任務要求和預算明細；不得擅自調整外撥資金；不得隨意增加減少課題合作單位；不得向預算外單位轉撥專項經費；嚴禁以任何方式變相轉撥經費，如以測試化驗加工費、設備試制費等名義將科研任務外包等；

2.經費支出——直接費用、間接費用支出；專項支出、自籌支出；支出原則，任務目標相關性、政策相符性、經濟合理性。

3.經費支出數與預算數存在的差異，是否有預算調整、有情況說明。